首都博物馆于1953年开始筹备，1981年正式对外开放，原馆址在全国重点文物保护单位——北京孔庙。作为北京市“十五”期间重点文化建设工程，首都博物馆新馆建设项目的立项申请，于1999年得到北京市委、市政府批准，2001年经国家发改委报国务院批准实施，2001年12月正式奠基兴建。
首都博物馆新馆于2005年12月开始试运行，2006年5月18日正式开馆。首都博物馆以其宏大的建筑、丰富的展览、先进的技术、完善的功能，成为一座与北京“历史文化名城”、“文化中心” 和“国际化大都市”地位相称的大型现代化博物馆，并跻身于“国内一流，国际先进”的博物馆行列。
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